垢菌清利用水垢预沉积和氯离子及氧离子的氧化产物，用于工业循环冷却水、中央空调循环水、工业循环冷却水、供水系统（饮用水、热水系统），取代软化树脂或者化学药剂解决结垢和微生物控制的问题。
冷却水在反应室内，经过电化学作用发生下列反应：
1) 在阴极（反应室内壁）附近形成一个强碱性环境（PH高达13），使碳酸钙从水中析出附着在内壁上。
2) 电流导致悬浮颗粒失稳，形成较大絮体沉淀下来。
3) 在阳极附近，氯离子被电解氧化生成游离氯或者次氯酸。
4) 在阳极附近同时生成氢氧根自由基、氧自由基、臭氧以及双氧水，这些物质进一步强化了在反应室内和整个水系统的杀菌灭藻效果。
除垢原理：
在电流的作用下水在阴极发生电解反应生成OH-，由阴极反应产生的OH-离子打破阴极附近溶液中碱度与硬度的平衡，溶液中的HCO3-离子转化为CO32-离子，同时水中的Ca2+、Mg2+等成垢离子在静电引力的作用下向阴极区迁移，分别生成CaCO3、Mg(OH)2沉淀析出。在电场的作用下，CaCO3在阴极板表面的结晶形式由坚硬的方解石结构转变为较为疏松的文石型结构，更易于剥离去除。
杀菌原理：
在阳极处发生氧化反应：氯离子转化成氯气，其氯气在冷却水中很快形成持续杀菌效果的次氯酸，次氯酸是一种极强的氧化杀生剂，可有效的杀死藻类和菌类，同时阳极又产生臭氧、氧自由基、羟基自由基和双氧水，这一系列产物产生了杀菌效应，结合局部高PH值（阴极）和低PH值（阳极）区域，微生物和藻类在经过交替的强酸性环境和强碱性环境的过程中也难以维持生存。
生成氧气
4HO-O2(g)+2H2O+4e-
游离氯
Cl-–e-Cl0
氯气
2Cl-(aq)Cl2(g)+2e-
臭氧
O2+2HO-–2e-O3(g)+H2O
自由基OH0
OH-–e-OH0
防腐蚀原理：
（1）其实循环水系统的腐蚀70%以上是由微生物滋生产生的粘泥导致的，溶解氧等其它因素导致的腐蚀不超过30%，因此通过垢菌清的持续杀菌功能，可减少粘泥的产生，进而达到防止系统腐蚀的目的；
（2）生成的极微量氯气通过排气阀排出水外，适当降低了氯离子的含量，减轻了氯离子腐蚀的危害，同时，控制L.S.I指数，使循环水处于微结垢状态达到防腐作用；
（3）管道内壁和水界面发生如下化学反应：
Fe2++2OH-→Fe(OH)2
2Fe(OH)2+H2O+1/2O2→2Fe(OH)3
2Fe(OH)3→3H2O+Fe2O3
在电场作用下，反应会继续进行，生成一层致密的四氧化三铁，阻止腐蚀的进一步进行，起到防腐作用。
3Fe2O3•nH2O+2e→2Fe3O4+1/2O2+3nH2O
全自动垢菌清运行过程：
运行过程：冷却水从进水阀进入反应室内，经反应室反应后由出水口排出。
除垢过程：当工作时间达到设定值时，控制系统会启动自动刮垢、排污程序，进水阀关闭，电源停止工作，放空阀打开，放空后气缸带动刮刀挂掉反应室内壁的软垢，排污阀开启，垢体排入集渣池，几分钟后排污阀关闭，设备恢复正常运行过程。
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